ゾーンを同じ部屋に複数作りレイヤセットで使いわける方法は一般的には有効でしょうか？

質問

使いたい資料ごとにゾーンを同じ部屋・いくつもまたがるように等、複数作りレイヤセットで使い分る方法は一般的には有効でしょうか。それともゾーンを重ねて何個も置くことはやらないほうが良いのでしょうか。

有効です。

共同住宅を例にすると、部屋名ごとのゾーン、タイプごとのゾーンや、容積対象、専有、専用、共用部分など様々なエリアの定義が必要になると思います。

重なったゾーンはレイヤで明確に分けておく必要があります。
Forwardツールのエリアオーバーレイをご使用いただくとよろしいかと思います。

メニュー・編集＞エリアオーバーレイ

選択した塗りつぶしもしくはゾーン（子要素）から、それらの輪郭形状にオーバーレイする1つの塗りつぶしまたはゾーンを作成する。子要素の形状が変更された場合、オーバーレイは自動でその形状を追従します。